NCIS: New York, Özel Ajan Sam Hanna’nın New York’a geri dönerek şehrin güvenliğini sağlayan NCIS ekibine liderlik etmesini konu alıyor. Deneyimli ajan, Nick Schaeffer ile birlikte askeri bağlantılı suçlardan ulusal güvenliği tehdit eden operasyonlara kadar pek çok kritik dosyanın izini sürer. New York’un kalabalık sokakları ve stratejik limanları, ekibi sürekli değişen düşmanlarla karşı karşıya getirirken her karar büyük sonuçlar doğurur.